2004-2005

Début 2004, Cena participait au Royal Rumble match au pay-per-view du même nom, restant parmi les 6 derniers participants avant de se faire éliminer par le Big Show. Cette élimination au Royal Rumble ammenait les deux à une rivalité, durant laquelle Cena remportait le United States Championship du Big Show à WrestleMania XX en mars. Pendant son règne, il entrait en divergence avec le General Manager de SmackDown! Kurt Angle au sujet de René Duprée et Torrie Wilson. Le règne prenait fin quatre mois plus tard le 8 juillet, quand il s'est fait « retiré » le titre par Angle après qu'il l'a (kayfabe - accidentellement) mis à terre, par conséquent « attaquant un officiel ». Il récupérait le titre en battant Booker T dans un best of five qui culminait au PPV d'octobre No Mercy. Seulement pour le perdre contre le débutant Carlito Caribbean Cool la semaine suivante. Après la défaite contre Carlito, les deux commençaient une feud, pendant laquelle Cena était (kayfabe) poignardé dans le rein dans une boîte de nuit de Boston par le garde du corps de Carlito, Jesús^,. Cette fausse blessure était utilisée pour permettre à Cena de se retirer et de tourner son film The Marine. Dès son retour en novembre, il récupérait le titre US de Carlito, débutant à ce moment à « customiser » la ceinture avec une sorte de roue dessus. Lors de Survivor Series 2004 il fait équipe avec Eddie Guerrero , Big Show et Rob Van Dam (Team Guerrero), et ils battent la Team Angle (Kurt Angle, Mark Jindrak, Carlito et Luther Reigns. Après avoir battu Carlito et son garde du corps Jesus à Armaggedon 2004, il commence une rivalité avec Mark Jindrak, qu'il bat à trois reprises.

Cena participait au Royal Rumble en janvier 2005, cette fois terminant dans les deux derniers. Lui et le catcheur de la division Smackdown! Batista passaient par dessus la troisième corde au même moment, mettant fin au match. Cependant, Vince McMahon apparaissait et faisait recommencer le match à la « mort subite », Batista l'emportant finalement. Le mois suivant, Cena battait Kurt Angle pour décrocher une place dans le main event de la division SmackDown! à WrestleMania 21, débutant une feud avec le WWE Champion John "Bradshaw" (JBL) Layfield et son Cabinet. Dans les prémices de la rivalité, Cena perdait son titre US contre le membre du Cabinet Orlando Jordan, qui finissait par « exploser » sa ceinture tournante avec JBL et retourner à la ceinture classique. Quand Cena et JBL se rencontraient à WrestleMania, le titre changeait de mains, Cena décrochant son premier titre majeure à la fédération. Dans le cadre de la storyline, il avait désormais un titre de la WWE customisé comme pour la ceinture US, alors que JBL gardait la ceinture originale et affirmait rester le Champion de la WWE, jusqu'à ce que Cena récupérait la ceinture originale dans un sanglant "I Quit" match à Judgment Day. La période de Cena à SmackDown! prenait fin le 6 juin 2005 à WWE RAW, quand il devenait le premier catcheur sélectionné par le General Manager de la division RAW Eric Bischoff, dans l'annuel draft lottery. Lors de son arrivée à RAW, Cena entrait peu à peu en rivalité avec Bischoff quand il refusait de participer à sa « croisade » contre les envahisseurs de la Extreme Championship Wrestling à leur show de réunion. Bischoff voulant rendre difficile le passage de Cena à RAW, il sélectionnait Jericho pour s'emparer du titre de Cena. Pendant leur feud, même si Cena était le face et Jericho le heel, une partie importante de la foule choisissait de huer Cena pendant leurs matches. De plus en plus de fans poursuivaient dans ce chemin lors de la rivalité suivante de Cena avec Kurt Angle, qui est devenu le nouveau challenger numéro un de Bischoff après que Cena battait Jericho dans un You're Fired match le 22 août à RAW, l'envoyant en dehors du show. Cena conservait son titre à travers sa feud avec Angle, perdant contre lui par disqualification à Unforgiven en septembre et le battant aux Survivor Series en novembre. La feud avec Angle voyait aussi Cena ajouter une nouvelle prise de finition à son répertoire – le STFU – quand il était placé dans un (Triple Threat) match de soumission le 28 novembre à RAW.

2006-2007

Cena perdait le WWE Championship au premier pay-per-view de 2006, New Year's Revolution, mais pas dans l'Elimination Chamber match qui était l'événement où il devait défendre son titre. En effet, juste après sa victoire dans l'Elimination Chamber, Edge décidait d'encaisser son Money in the Bank qui lui garantissait un match de championnat, et ainsi après deux rapides spears il battait Cena pour le titre. Le règne de Cena de 280 jours prenait fin, battant le record de l'ancien champion JBL. Juste trois semaines plus tard, Cena récupérait le titre au Royal Rumble. Cena obtient donc pour la deuxieme fois le Wwe Championship. Au match retour contre Edge, il conserve son titre. La réaction négative s'intensifait quand il affrontait Rob Van Dam à ECW One Night Stand en juin 2006. Il perdit le WWE Championship pour la seconde fois en 2006 à One Night Stand, battu par Van Dam après une intervention d'Edge. En juillet, après qu'Edge eut remporté le titre de Van Dam dans un Triple Threat match qui impliquait aussi Cena, la feud du début d'année entre les deux était relancée. Après qu'Edge eut conservé le titre de manière douteuse — se faisant disqualifier (le titre ne pouvant changer de mains), et utilisant un poing américain - introduisait sa propre version de la ceinture customisée de Cena, celle-ci avec un logo placé à la place de la roue. Cena récupérait finalement le titre dans un Tables, Ladders, and Chairs match au pay-per-view Unforgiven 2006 en septembre, dans un match qui stipulait que si Cena perdait il devait quitter RAW pour aller à SmackDown!. Il ramenait la précédente version de la ceinture le lendemain à RAW. Cena était ensuite impliqué dans une storyline inter-division pour déterminer le « Champion des Champions » - le champion le plus dominant des trois divisions de la WWE. Cena, King Booker (World Heavyweight Champion de WWE Friday Night SmackDown!), et Big Show (Champion du Monde de la ECW ) s'engageaient dans une mini-feud menant à un Triple Threat match à Cyber Sunday en novembre, les fans votant pour le titre qui devait être défendu. Au même moment, Cena était impliqué dans une storyline avec le non-catcheur Kevin Federline quand celui-ci commençait à apparaître à RAW avec Johnny Nitro et Melina. Après avoir été dans une altercation physique avec Federline à RAW, Federline apparaissait à Cyber Sunday pour frapper Cena avec le World Heavyweight Championship pendant le Triple Threat match, aidant King Booker à conserver son titre. En 2006 prenait fin alors que Cena débutait une feud avec l'invaincu Umaga pour le titre de la WWE. Dans le premier RAW de la nouvelle année, Cena était battu par Federline (avec l'aide d'Umaga), bien que plus tard dans la soirée il ait pu se venger en portant son F-U (Attitude Adjustment actuellement) sur Federline.

Autour de Survivor Series 2007 John Cena accorde une interview de la CNN. La journaliste lui demande s'il a déja pris des stéroïdes. John Cena répond : Absolumment pas. Mais ceci est coupé au montage à la diffusion et la réponse est autre chose : Vous ne prouverez jamais que j'en ai pris. Mr. McMahon prend alors le défense de John Cena et attaque la CNN. Quelques jours plus tard, la CNN rediffuse l'interview mais en intégralité. Au RAW Tribute of the Troops en Irak diffusé le 24 décembre, Mr. McMahon vient déranger le show mais il est interrompu par le Père Noël. Après une longue discussion du Père Noël, Mr. McMahon lui reprend le micro et lui enlève le chapeau et la barbe et voit que c'est en fait John Cena. Il arrive même à lui faire un Attitude Adjuster (anciennement FU) avec sa blessure. Il salue les militaires et leur distribue des CD avec Layla, Kelly Kelly, Mickie James et Maria puis il repart pour terminer sa convalescence.

2008

Lors du Royal Rumble 2008 Cena fait son grand retour surprise en entrant en trentième et dernière position. Il remporte le Royal Rumble en éliminant Triple H avec le F-U. Etant le vainqueur, il obtient un match à WrestleMania XXIV pour le WWE Championship détenu par Randy Orton, il demande son match juste le soir suivant à RAW, Randy Orton décide d'accepter, mais seulement à No Way Out 2008. John Cena bat le champion de la WWE par disqualification lors du No Way Out 2008. Malgré la victoire, Cena n'obtient pas le titre en raison de la disqualification de Randy Orton.

Dès son retour à RAW, il protège Mickie James du GM William Regal qui voulait lui faire déposséder et demande au GM de lui donner un nouveau match de revanche contre Randy Orton. Celui-ci accepte et promet que JBL n'interviendra pas. Promesse non-tenue puisqu'il change la stipulation en plein match qui devient un Special Referee avec JBL comme arbitre qui fait gagner Randy Orton. John Cena commence alors une feud contre JBL où Cena bat deux fois JBL à Judgment Day 2008 et à One Night Stand 2008 dans un First Blood match pour enfin finir leur rivalité. Pour faire saigner JBL il a profité d'une esquive pour prendre la chaîne et lui faire un STFU avec celle-ci pour que JBL saigne de la bouche. John Cena devient le rival principal de Triple H en battant Jeff Hardy pour être challenger numéro 1 pour le titre de la WWE, le 2 juin à Raw. Lors de Night Of Champions, John Cena perd contre Triple H alors qu'il voulait lui porter son F-U mais Triple H le contre et lui porte un Pedigree. Le 30 juin, il se fait exclure de l'arène par la sécurité de JBL, il reviendra avec les Cryme Tyme (JTG et Shad) pendant le match de JBL contre CM Punk pour s'occuper de la sécurité de JBL. Mais Cena perd à The Great American Bash 2008 contre JBL dans un New York City Parking Lot Brawl.

Lors de son retour à Survivor Series 2008 John Cena bat Chris Jericho à la suite d'un F-U et remporte pour la première fois le World Heavyweight Championship^[84]. Lors du RAW suivant, il bat Kane mais se fait attaquer par Jericho, Cody Rhodes, Randy Orton et Manu après le match. La semaine d'après, il affronte Edge à l'occasion des Slammy Awards, mais, à cause de l'intervention de Jericho, le match se termina en no-contest. Lors d'Armageddon 2008, il conserve son titre face à Jericho. Le lendemain, Batista et lui battent Cody Rhodes, Randy Orton et Manu par disqualification avec le coup de pied de Randy Orton porté sur Batista. Durant Tribute to the Troops 2008, lui, Rey Mysterio et Batista battent Randy Orton, Chris Jericho et Big Show dans un Six Men Tag Team match.

2009

Au Royal Rumble 2009, John Cena bat John B. Layfield et conserve le World Heavyweight Championship. Durant le match, Shawn Michaels lui inflige à lui et à JBL un Sweet Chin Music pendant que l'arbitre était K.O. John Cena gagne le match avec un Attitude Adjustment. Lors du Raw du 26 janvier 2009, il bat Shawn Michaels et empêche JBL de participer à l'Elimination Chamber Match à No Way Out 2009 pour le World Heavyweight Championship. À No Way Out 2009, il perd le titre au profit d'Edge, qui ne devait pas à la base participer à ce match. A WrestleMania XXV, il bat Edge et Big Show dans un Triple Threat match afin de remporter le World Heavyweight Championship pour la seconde fois de sa carrière. Lors de Backlash 2009, il perd le World Heavyweight Championship au profit de Edge dans un Last Man Standing match suite à une intervention du Big Show qui est venu lui infliger un Chokeslam dans un projecteur. Lors du RAW du 27 avril, il fait irruption sur la rampe, bien mal en point, pendant le n°1 contender match pour le WWE Championship entre The Big Show et Batista et distrait le Big Show ce qui lui fait perdre le match par décompte à l'exterieur. Lors de Judgment Day 2009, il affronte le Big Show et gagne grâce à son Attitude Adjustment. Lors de Extreme Rules 2009, il bat le Big Show dans un Submission match grace a son STF.

Lors du RAW du 15 juin, il affronte Big Show, Triple H et Randy Orton dans un Fatal-Four-Way match pour le WWE Championship mais perd au profit de Randy Orton qui fait le tombé sur le Big Show. Lors de The Bash 2009, il affronte The Miz et gagne le match. Lors du Raw du 29 juin, il participe à un tournoi lancé par Dave Batista pour tenter de conquérir le titre de Randy Orton. Il gagne son premier match contre The Miz. Il affronte la semaine suivante The Game Triple H pour savoir qui de Cena ou de HHH affrontera Orton à Night of Champions 2009. Lors de cet évènement, il affronte Randy Orton et Triple H mais perd suite à une intervention de la Legacy. Lors du Raw du 27 juillet, il bat The Miz dans un Beat the Clock Challenge et devient challenger pour le titre lors de SummerSlam 2009 mais Randy Orton conserve le titre grâce à l'aide de Brett DiBiase, frère de Ted Dibiase partenaire d'Orton dans la legacy. A Breaking Point il remporte son quatrième WWE Championship en forçant son adversaire Randy Orton à abandonner dans un I Quit Match.Après,et à Hell in a cell Il perd le titre contre Randy Orton dans un Hell in a Cell match. John Cena aura sa dernière chance pour récupère le titre de la WWE a Bragging Rights dans un Iron man match D'une heure. Si il perd ce match il devra quitter RAW pour toujours et si c'est Randy Orton qui perd il ne pourra plus avoir de rematch. Lors de WWE Bragging Rights, John Cena remporte un Everything Goes 1 Hour Iron Man Match dantesque contre Randy Orton, remportant ainsi le titre de WWE Championship pour la 5ème fois de sa carrière. John Cena a remporté ce match avec 6 décisions pour lui (la dernière à 4 seconde avant la fin) contre 5 pour Randy Orton. Aux Survivor Series, il devra défendre son titre contre Triple H et Shawn Michaels dans un Triple Threat Match.